Wilayah kekuasaan VOC makin luas. Mereka ingin tetapmempertahankan dan mengawasi daerah-daerah yang telah dikuasainya. Akan tetapi, VOC mengalami krisis keuangan karena kebutuhan dana makin membengkak. Pada pengunjung abad ke-18, VOC benar-benar kewalahan menghadapi persoalan keuangan yang melilitnya. Perhimpunan dagang ini tidak dapat lagi memberikan keuntungan bagi negerinya sendiri. Bahkan, untuk menggaji pegawainya sendiri, VOC sudah kewalahan.
Ketika VOC mengahadapi kesulitan keuangan, di Benua Eropa sedang berlangsung Perang Koalisi. Dalam Perang Koalisi tahun 1792-1797, Prancis di bawah pimpinan Napoleon Bonaparte dapat mengalahkan Austria, Prusia (sekarang menjadi bagian Rusia dan Polandia), Inggris, Spanyol, Sardinia, dan Belanda.
Setelah itu, pemerintahan Belanda diambil alih Prancis. Bentuk pemerintahan kerajaan pun diubah ke dalam bentuk republik dengan nama Bataafsche Republiek (Republik Bataaf). Pemerintah baru ini kemudian membubarkan VOC pada tanggal 31 Desember 1799.